Penyulaman tanaman dilakukan setelah tanaman berumur 1,5 bulan sejak tanam. Tanaman yang tumbuhnya jelek atau berpenyakit dicabut dan diganti bibit baru. Apabila menggunakan metode dua bibit dalam satu lubang tanam, tinggal mencabut tanaman yang terlihat tidak bagus.
        Amati saat pohon berbunga untuk pertama kalinya. Bunga tumbuh pada ketiak daun. Bila bunga yang tumbuh tunggal, berarti bunga betina atau bunga sempurna. Bunga ini keluar saat umur 4 bulan. Bila berkelompok atau dalam rangkaian berarti jantan, pohon harus dicabut dan disulam dengan bibit lain.
        Petik bunga tersebut kemudian tekan ujungnya dengan ibu jari hingga terbuka, bila bunga yang keluar jantan pohon berarti ini adalah pohon sempurna yang akan dipertahankan. Bunga sempurna akan muncul 1-2 bulan kemudian. Bila setelah ditekan keluar bunga betina, berarti pohon ini pohon betina. Berarti harus dicabut.
        Kemudian sulam tanaman yang dicabut tersebut dengan bibit baru. Atau, bila kita menerapkan metode penanaman dua pohon dalam satu lubang tanam, pindahkan pohon sempurna dari lubang lain. Karena untuk satu lubang hanya bisa dibesarkan satu pohon sempurna saja.



       Pemupukan susulan dimulai 2 minggu setelah bibit dipindahkan. Pemupukan diberikan dengan cara menggali parit melingkari tanaman pepaya. Kedalaman parit kurang lebih 5-10 cm, campuran pupuk diletakkan pada parit tersebut. Berikut ketentuan pemupukan budidaya pepaya:

•     Pemupukan pertama, umur 2 minggu, Urea 30 gr, SP-36 40 gr, ZA 40 gr dan KCl 20 gr per pohon

•     Pemupukan kedua, umur 1 bulan, Urea 40 gr, SP-36 70 gr, ZA 70 gr dan KCl 30 gr per pohon

•     Pemupukan ketiga, umur 4 bulan, Urea 45 gr, SP-36 80 gr, ZA 80 gr dan KCl 60 gr per pohon

•     Pemupukan keempat, umur 6 bulan, Urea 50 gr, SP-36 90 gr, ZA 90 gr dan KCl 70 gr per pohon

•     Pemupukan selanjutnya setiap satu bulan, Urea 60 gr, SP-36 100 gr, ZA 100 gr dan KCl 75 gr per pohon